1955年秋天，一位空軍少校潘克永隨機飛越觀音山上空時，因飛機上的羅盤出現磁力異常的反應，推論該地可能有大規模之鐵礦床存在，於是偕同地質學家林朝棨等人前來探勘。結果確認地面上到處可見的鐵塊，其實是史前人類煉鐵的遺留，同時亦發現許多史前陶片、石支腳與凹石等，因而判斷此處為史前遺址，並依據該地地名，命名為「十三行遺址」。

之後石璋如、劉斌雄、臧振華、劉益昌等多位考古學者先後在此進行發掘，陸續出土陶器、鐵器、墓葬等各類豐富遺物。經研究得知，十三行人生活在距今1800~500年前，屬於臺灣史前的鐵器時代，是目前唯一確定擁有煉鐵技術的史前居民。至於十三行人為什麼在這裡生活了一千多年後消失的原因，仍有待進一步研究。

 

十三行遺址以十三行聚落為中心，面積約為62500平方公尺，其命名的方式係依據考古學慣例，命名大多採用發現地的最小地名，而十三行遺址的發現地，其最小地名即為「十三行庄」。

傳說這裡在清朝時曾經是重要的貿易商港，有多達十三家行郊（商家）在此經商，所以大家就以「十三行」稱之。也有人說這裡是早期漢人登陸的海邊，曾有十三個「羅漢腳」（單身男人）在這裡落腳開墾，所以稱為「十三行」。另有部分學者主張「十三行」可能是原住民稱呼該地之音譯名稱。