十三行博物館隸屬於新北市政府,為市府二級獨立機構,業務受文化局監督,其定位為: 1.十三行遺址保存及展示中心 2.北臺灣第一座考古博物館 3.八里左岸生態博物館營運目標則為: (1) 研究、保存、蒐藏及展示遺址文物 (2) 進行學術網絡交流 (3) 成為八里左岸民眾參與體驗及教育學習中心 (4) 推廣臺灣考古研究及教育 (5) 實行生態博物館理念 (6) 促進社區文化及休閒產業